Ochiq antikorlar loyihasi UC Davis, NIH NeuroMab Facility, DSHB va Addgene tomonidan birgalikda ilgari surilgan global tadqiqot hamkorligidir. U standartlashtirish, shaffoflik va ochiq almashish orqali antikorlarning takrorlanishi inqirozini hal qilishga qaratilgan. Uni amalga oshirish bo'sh tashabbus emas, balki bajariladigan, tekshirilishi va takrorlanishi mumkin bo'lgan olti{2}}bosqichli muhandislik jarayonidir.
1. Antikor gen ketma-ketligini standartlashtirilgan olish va topshirish
Manba: Antigen{0}}maxsus B hujayralari immunizatsiya qilingan hayvonlardan yoki tiklangan bemorlardan bitta B hujayralarini saralash texnologiyasi (masalan, FACS) yordamida ajratiladi. Og'ir va engil zanjirlarning to'liq V(D)J ketma-ketligini olish uchun BCR mRNK RT-PCR yordamida ekstraksiya qilinadi va kuchaytiriladi.
Formatga qo'yiladigan talablar: ketma-ketlik FASTA formatida bo'lishi va V, D va J gen fragmentlari uchun izohlarni o'z ichiga olishi kerak.
Immunogen ma'lumotlari (antigen nomi, turlari, immunizatsiya tartibi) kiritilishi kerak.
Klonlashning kelib chiqishi ko'rsatilishi kerak (masalan, "inson donori №27, post-SARS-CoV-2 infektsiyasi").
Taqdim etish platformasi: Addgene-ning "Plazmidni taklif qilish" shakli orqali xom ketma-ketlik ma'lumotlarini yuboring.
Asosiy fikrlar: ketma-ketlik rekombinant antikor geni bo'lishi kerak; gibridomalardan olingan ketma-ketliksiz antikorlarni topshirish taqiqlanadi.
2. Plazmid konstruktsiyasi va muhandislik ifodasi vektor yig'ilishi
Vektor tanlash: IgG1 Fc doimiy hududi va Kozak ketma-ketligini kiritishni ta'minlab, sutemizuvchilarning standart ifoda vektorlaridan (masalan, pCMV yoki pEF1 ) foydalaning.
Klonlash usuli: tasodifiy birikmalardan qochib, og'ir va engil zanjirlarning tabiiy juftlanishiga erishish uchun Gibson yig'ish yoki Oltin darvoza klonlashdan foydalaning.
Plazmidlarni nomlash qoidalari:
OpenAb_[Antigen]_[Turlar]_[CloneID]_v1
Misol: OpenAb_SARS2_Spike_hu_047_v1
3. Addgene platformasi orqali topshirish va ko'rib chiqish
Taqdim etish uchun ariza: Addgene Suggest a Plazmid formasiga kiring
Ko'rib chiqish mezonlari: Kontaminatsiya va ramka o'zgarishi mutatsiyalarisiz ketma-ketlik; Plazmidda to'liq promouter va terminator mavjud; Plazmid xaritasini taqdim eting (.gb fayl)
Ko'rib chiqish vaqti: Odatda 7-14 ish kuni. Tasdiqlangandan so'ng, Addgene ID (masalan, #123456) tayinlanadi va plazmid ommaviy ravishda ma'lumotlar bazasiga qo'shiladi.
Natija: Plazmid har qanday tadqiqotchi uchun bepul mavjud bo'lgan butun dunyo bo'ylab qidiriladigan resursga aylanadi.
4. Validatsiya ma'lumotlarini standartlashtirilgan yaratish va yuklash
Tasdiqlash usullari: IWGAV (Antikorlarni tekshirish bo'yicha xalqaro ishchi guruhi) ning beshta ustuniga mos kelishi kerak:
|
Tasdiqlash turi |
Usul |
Talablar |
|
Genetik tasdiqlash |
Maqsadli oqsilning CRISPR nokauti/nokauti |
WB diapazonlarining yo'qolishi yoki sezilarli darajada qisqarishi |
|
Ortogonal tasdiqlash |
Mass-spektrometriya yoki RNK-seq natijalari bilan taqqoslash |
Barqaror ifoda namunasi |
|
Mustaqil antikorlarni tekshirish |
Turli epitoplarga ega bo'lgan antikorlar yordamida o'zaro{0}}validatsiya |
Barqaror natijalar |
|
Funktsional tekshirish |
Neytralizatsiya tahlili, oqim sitometriyasi |
Kutilgan biologik funktsiyani ko'rsatadi |
|
Ilovani tekshirish |
IHC, IF, WB, FC |
Maqsadli dastur uchun maxsus binoni |
Ma'lumotlar formati:
IHC/IF tasvirlari: Salbiy nazorat (nokaut to'qimasi) va ijobiy nazoratni o'z ichiga olishi kerak.
WB rasmlari: molekulyar ogʻirlik belgilari va ichki nazoratni oʻz ichiga olishi kerak (masalan, -aktin).
Barcha rasmlar eksperimental parametrlar (antikorlarni suyultirish nisbati, ta'sir qilish vaqti) bilan birga yo'qotishsiz TIFF formatida yuklanishi kerak.
Majburiy talab: barcha tekshirish ma'lumotlari plazmidlar bilan birgalikda nashr etilishi kerak; ham bekor qilish mumkin emas.
5. Global bepul tarqatish va foydalanish
Kirish usuli:
Addgene Antikor Plazmidlar Kollektsiyasiga tashrif buyuring
Maqsadli antikorni qidiring (masalan, "OpenAb_SARS2_Spike")
Tijoriy boʻlmagan{0}}foydalanish shartnomasini yuboring (toʻlov shart emas)
Plazmidni qabul qilish (odatda 5-10 ish kuni)
Foydalanish bo'yicha ko'rsatmalar:
Maqolada Addgene identifikatori va asl ketma-ketlik manbasi keltirilishi kerak.
Yopiq halqa ekotizimini shakllantirish uchun yangi tekshiruv maʼlumotlarini Addgene’ga qaytarishni ragʻbatlantiring.-
6. Uzluksiz qayta aloqa va ekotizim iteratsiyasi
Ma'lumotlarni qayta aloqa qilish mexanizmi: Foydalanuvchilar dinamik tekshirish ma'lumotlar bazasini shakllantirib, Addgene platformasiga yangi eksperimental natijalarni (masalan, yangi ilovalar, yangi turlarning reaktivligi) yuklaydi.
Hamjamiyat boshqaruvi: DSHB va NIH muntazam ravishda antikor sifati hisobotlarini chop etib, samarasiz yoki oʻzaro{0}}reaktiv antikorlarni yoʻq qiladi.
Natijalar: 2025 yil holatiga ko'ra, ochiq manba antikorlari yordamida olib borilgan tadqiqotlarning 89% ni mustaqil ravishda qayta ishlab chiqarish mumkin, bu tijorat antikorlari uchun 45% dan ancha yuqori.
